DNA Sequence Design on Single Objective Artificial Immune System

Abstract

Jujukan struktur asid deoksiribonukleik (DNA) yang tepat penting bagi komputeran DNA agar proses pengiraan berasaskan DNA menghasil keputusan yang berkesan. Untuk menghasil jujukan DNA yang baik, ramai penyelidik berusaha mengurangi kesilapan pengiraan dalam komputeran DNA dengan memberi tumpuan kepada pembangunan kaedah mereka bentuk jujukan DNA yang baik. Kajian ini membangun kaedah mereka bentuk jujukan DNA berasaskan sistem imun buatan (SIB) bagi mengoptimum reka bentuk jujukan DNA. Teknik Algoritma Pilihan Negatif (APN) dan Algoritma Pilihan Klonal dihibrid dan satu algoritma baharu dihasil bagi mereka bentuk jujukan DNA. Algoritma ini dipanggil Algoritma berasaskan Pemilihan Negatif dan Klonal bagi mereka bentuk DNA atau PNK-D. Secara asasnya, terdapat empat kekangan yang berkesan terhadap gerak balas jujukan DNA iaitu; Hsukatan, keserupaan, kesinambungan, selekoh-tajam dan dua kekangan lain untuk mengekal keseragaman dalam turutan iaitu kandungan-GC dan suhu leleh (Tm). Nilai keempat-empat kekangan ini diagregasi sebagai satu objektif tunggal. Hasil keputusan kajian ini dibanding dengan kajian lepas yang mengguna kaedah pengoptimuman koloni semut (ACO) bagi menyelesai permasalahan reka bentuk jujukan DNA. Hasil perbandingan menunjukkan jujukan DNA dihasil AIS lebih baik daripada jujukan yang dihasil mengguna kaedah ACO.